Celkové náklady na stavbu činily 105 milionů korun. V průběhu výstavby pak bylo nutné navýšit rozpočet o přibližně 20 milionů korun kvůli některým nově zjištěným skutečnostem a potřebám (např.: sanace základů stavby, kompletní nové stropy, výměna oken, nové příčky, atd.). V roce 2002 tehdejší představitelé ministerstva zdravotnictví přislíbili ústně i písemně kolínské nemocnici dotaci ve výši 20 milionů korun. V návaznosti na tento příslib bylo v srpnu 2002 do smlouvy zakotveno, že částka bude uhrazena poté, co ministerstvo zdravotnictví poskytne dotaci ze státního rozpočtu. Ta ale do konce tohoto roku nebyla ministerstvem uhrazena. Navíc ani není v tuto chvíli není zcela jasné, zda tehdy ministerstvo zdravotnictví rozhodlo o poskytnutí dotace. Kolínská nemocnice v srpnu roku 2002 ale dokončenou stavbu převzala a společnosti Skanska nezaplatila. Skanska podala na kolínskou nemocnici v roce 2005 žalobu. V současnosti kraj zhodnotil situaci tak, že už nemá cenu se soudit a raději dlužnou částku doplatí. Protože však hrozí, že bude muset navíc zaplatit penále cca ve výši 60 milionů, pokusí se s firmou Skanska dohodnout o prominutí této sumy. Podrobnosti  a vyjádření obou bývalých ředitelů místní nemocnice - Jana Rakušana a Luďka Rubáše - přináší dnešní nové číslo týdeníku Kolínský Pres. meč